R 論文投稿用プロットを瞬時に作図する
米国医学研究者のDr. Pontaです。今回は論文投稿時にそのまま使えてしまう図をRで瞬時に作図する方法を解説します。作画はggplotをベースをしている”ggpubr”を使うと、自動でP値も計算、グラフ内に自動で埋め込んでくれます。機能特...
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R 次元削減法 PCA
米国医学研究者のDr. Pontaです。今回は高次元データ解析時(RNA-seqなどの数万次元からなる行列など)の主成分分析(PCA)について解説します。PCAとはPCAはデータの次元削減と特徴量抽出のために使用される統計的手法です。PCA...
R R ggplot 使い方１
米国医学研究者のDr. Pontaです。今回はRでvisualization方法として最も便利で一般的に使われているggplotの使い方について解説します。ggplotとはggplotは、データ可視化のための強力なパッケージであり、Rプログ...
R TCGAデータ解析 TCGAbiolinks編
米国医学研究者のDr. Pontaです。今回はアメリカの医学研究ネットワークThe Cancer Genome Atlas（TCGA） Programにより発表された各悪性腫瘍のマルチオミクスデータのダウンロード方法について、解説します。T...
オンライン解析 TCGAデータ解析 LinkedOmics編
米国医学研究者のDr. Pontaです。今回はLinkedOmicsプラットフォームの使い方を簡単に解説します。LinkedOmicsは、がんのマルチオミクスデータを分析するための公開データポータルです。このデータポータルには、TCGAの3...