R Rでエンリッチメント解析を自動化する； clusterProfilerの使い方
米国医学研究者のDr. Pontaです。今回はシグナルパスウェイのエンリッチメント解析方法について解説します。パスウェイ解析を行う方法は、MetascapeやiDEPのようにWebベースのものや、Rの”clusterProfiler”のよう...
R 
R 論文投稿用プロットを瞬時に作図する
米国医学研究者のDr. Pontaです。今回は論文投稿時にそのまま使えてしまう図をRで瞬時に作図する方法を解説します。作画はggplotをベースをしている”ggpubr”を使うと、自動でP値も計算、グラフ内に自動で埋め込んでくれます。機能特...
R 次元削減法 PCA
米国医学研究者のDr. Pontaです。今回は高次元データ解析時(RNA-seqなどの数万次元からなる行列など)の主成分分析(PCA)について解説します。PCAとはPCAはデータの次元削減と特徴量抽出のために使用される統計的手法です。PCA...
オンライン解析 cBioPortalでがんゲノムデータを可視化
米国医学研究者のDr. Pontaです。今回はcBioPortalの使い方を簡単に解説します。cBioPortalとはcBioPortal は、TCGAなどのがんゲノミクスデータを収録したデータポータルで、ウェブ上で遺伝子変異やRNA発現量...
R R ggplot 使い方１
米国医学研究者のDr. Pontaです。今回はRでvisualization方法として最も便利で一般的に使われているggplotの使い方について解説します。ggplotとはggplotは、データ可視化のための強力なパッケージであり、Rプログ...
R TCGAデータ解析 TCGAbiolinks編
米国医学研究者のDr. Pontaです。今回はアメリカの医学研究ネットワークThe Cancer Genome Atlas（TCGA） Programにより発表された各悪性腫瘍のマルチオミクスデータのダウンロード方法について、解説します。T...
オンライン解析 TCGAデータ解析 LinkedOmics編
米国医学研究者のDr. Pontaです。今回はLinkedOmicsプラットフォームの使い方を簡単に解説します。LinkedOmicsは、がんのマルチオミクスデータを分析するための公開データポータルです。このデータポータルには、TCGAの3...